Link är en ung pojke som bor i Ordon Village. Han är fåraherde och byns enda ryttare. En dag får han i uppdrag av borgmästaren att leverera en gåva till Hyrule Castle ett svärd, gjort av byns svärdsman. Innan han ska ge sig i väg ska han träna getter och när han är klar märker hans barndomsvän Ilia att hästen är skadad. Hon tar med Links häst Epona till Ordon Spring, där hon ska försöka läka Eponas skada. Borgmästaren blir upprörd, för nu kanske inte Link hinner leverera gåvan i tid. Link följer efter Ilia för att hämta Epona, men Ilia vill inte att han gör det, men ändrar sig genast när hon märker att skadan inte var så allvarlig i alla fall. Just då när Link ska ge sig iväg kommer en orc på vildsvin och kidnappar Ilia och en liten pojke som heter Colin. Colin är son till byns svärdsmed. Link försöker stoppa dem men blir nedslagen. När han sedan vaknar upp och de är borta han springer han för att rädda dem men så dras han in i Twilight Realm och förvandlas till varg. De mörka twilight monsterna sätter honom i ett fängelse där han träffar ett annat twilight monster vid namn Midna.
Twilight Princess är en betydligt mörkare titel jämfört med Wind Waker och inriktar sig lite mer på äldre spelare. Man kommer att tillbringa mer tid på hästrygg i Twilight Princess än vad man gjort med tidigare titlar. Strid på hästrygg förekommer i spelet och ger spelaren lite nya möjligheter till att fälla sina motståndare på.